У 1998 році наказом ректора університету № 1-03 створена кафедра «Екології», з цього ж часу розпочалася підготовка фахівців за напрямом 0708 «Екологія».
Кафедра створена на базі трьох кафедр:
- теплогазопостачання, вентиляції та охорони повітряного басейну;
- водопостачання, водовідведення та раціонального використання водних ресурсів;
- хімії.
Перший набір студентів за напрямом 0708 “Екологія” із спеціальності “Екологія та охорона навколишнього середовища” було здійснено у вересні 1994 року у кількості 40 чоловік. Перший випуск студентів-екологів відбувся у 1999 році.
У 2014 році кафедру «Екології» реорганізовано у кафедру «Прикладної екології та природокористування»
У різні роки завідувачами кафедри були:
- лютий 1998 р. – листопад 1999 р.― к.т.н., доцент Голік Ю.С;
- листопад 1999 р. – травень 2001 р.―д.т.н., проф. Бондар В.О.;
- червень 2001 р. – лютий 2006 р.― д.б.н., професор, академік УААН Коваленко В.Ф.;
- лютий 2006 р. – листопад 2007 р. ― обов’язки завідувача кафедри виконував старший викладач Рома В.В.,
- листопад 2007 р.– січень 2012 р. ― к.е.н., доцент Проскурня М. І.;
- січень 2012 р. – серпень 2012 р. ― д.с.-г.н., професор Писаренко П. В;
- вересень 2012. — вересень 2015р. — к.т.н., професор Голік Ю.С.;
- вересенья 2015 р. — жовтень 2018р. — д.т.н., професор Новохатній В.Г.;
- жовтень 2018р. — грудень 2020р. — к.т.н., доцент Ілляш О.Е.;
- грудень 2020 року - травень 2023 року - д.т.н., професор Степова О.В.
- з травня 2023 року кафедру очолює к.т.н. доцент Ілляш О.Е.